Como outras perguntas sugeriram, acabei de instalar todos os pacotes texlive em meu sistema e isso não resolveu o problema do Lyx não encontrar classes.
Isso foi corrigido desde 12.04 ou ainda é um problema?
Isso poderia estar relacionado ao fato de o diretório texlive estar fora do sistema texmf original?
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Eu resolvi isso usando este post.
https://tex.stackexchange.com/questions/197730/lyx-not-accessing-styles-classes-and-bibliographies
Por favor, tente fazer backup da sua pasta pessoal do LyX (encontre sua localização em Ajuda > Sobre) e depois remova-a. Faça isso sem o LyX rodando. Então inicie o LyX.
Você precisa excluir seu diretório inicial .lyx de fora do lyx e então executar novamente o lyx. Ele reconfigura e então os arquivos da classe .cls são encontrados. Deve ser um problema de cache.