Sempre funcionou para mim desde o primeiro dia. Mas ultimamente decidi instalar o BackSlide para aprimorar um pouco minha configuração. Desde que fiz isso sempre que ligo o laptop novamente, o modo claro padrão está ativado e tenho que ativar o modo escuro novamente.
Se houver alguma informação importante que eu não incluí, por favor me avise. Agradeço antecipadamente.
EDIT: Desinstalei o BackSlide (que na verdade era uma extensão do gnome) e o problema persistiu. Percebi que ao inicializar no menu do Tweak o tema global de Aplicativos estava em branco. Não é o padrão, apenas em branco.