Atualmente estou usando ferramentas (cssh) para abrir várias janelas xterm diferentes no meu monitor de uma só vez. Mas alguns deles são desenhados uns sobre os outros, embora haja espaço livre para separá-los.
(as janelas não são decoradas usando devilspie2)
Como posso forçar o mutter (shell do GNOME?) a criar algum espaço entre eles, para que não apareçam um em cima do outro?
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Parece que o cssh tem algumas opções que você pode definir para essa finalidade. Você pode adicionar as seguintes linhas ao $HOME/.clusterssh/config, o que deve corrigir a sobreposição:
# reserve space for the gnome-shell top bar
screen_reserve_top = <height of top bar>
# use all the space at the bottom
screen_reserve_bottom = 0
As janelas provavelmente se sobrepõem porque o cssh calcula as posições com base na primeira linha no topo da tela, mas o gnome-shell na verdade é a primeira linha de janelas para baixo, para que não se sobreponham à barra superior.