Estou usando o Dash to Panel no Ubuntu.
Parece que o Chrome em uma janela maximizada gera uma sombra ou algo que se sobrepõe. Não respeita totalmente a margem da barra superior. Isso só acontece com o Chrome.
Nas capturas de tela você pode ver a diferença entre outros aplicativos (ou seja, Firefox) e o Chrome.
Com cromo:
Com outros: