Optei por usar a rolagem "reversa" à moda antiga, ou seja, puxar o touchpad para baixo leva você mais para baixo no documento. Isso funciona em qualquer lugar no Ubuntu, exceto no Nautilus e na caixa de diálogo de atualização de software (o que vi até agora), que usa rolagem "natural". Eu gostaria de usar a rolagem "reversa" em todo o sistema. Estou executando o Ubuntu 13.10 em um Thinkpad T430s.
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Portanto, isso parece funcionar: desative a "rolagem natural" no mouse e no touchpad e edite o arquivo ~/.Xmodmap para conter "ponteiro = 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12". Salvar, sair, pronto.