É possível instalar o Ubuntu 13.10 no pendrive? Não quero um Live Ubuntu do unetbootin, porque toda vez que executo o Live OS, todas as configurações desaparecem.
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Eu acho que isto é o que você está procurando.
http://www.pendrivelinux.com/creating-an-ubuntu-live-usb-from-cd/
Basicamente, este link diz para usar o Startup Disk Creator do Ubuntu com um pendrive USB vazio de 4GB. Você pode configurar quanto fornecer ao seu diretório inicial persistente a partir daí.
Espero que ajude.