É possível (de preferência através de algum pacote) saber quantas vezes usei software? Todos os softwares. E talvez por quanto tempo? Também quando foi aberto pela última vez. Quanto mais informações fornecidas, melhor.
Também é preferível obter a saída em uma GUI.
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Zeitgeist é exatamente para isso. Ele está disponível no Ubuntu Software Center e foi abordado várias vezes pelo OMGUbuntu.