Os programas instalados a partir do código-fonte não aparecem nos gerenciadores de pacotes. Existe outro local que registre todos os programas que foram instalados por meio de compilação?
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Não, instalar algo da fonte é apenas copiar arquivos, não fica gravado em lugar nenhum. No entanto, por padrão, os programas instalados a partir do código-fonte são copiados em /usr/local/bin, enquanto os programas instalados a partir de pacotes são copiados em /binou /usr/bin, o que ls /usr/local/binpode lhe dar uma ideia aproximada do que você instalou a partir do código-fontesevocê não usou --prefix=/usr.
Se você usou --prefix=/usr, ainda poderá ver quais arquivos foram instalados a partir de um pacote e quais não foram usados dpkg -S: dpkg -S FILEverificará se FILEfoi instalado a partir de um pacote. Se fosse, imprimirá o nome do pacote, caso contrário imprimirá um erro. Então, se você quiser ver quais arquivos /usr/binestavamnãoinstalado em um pacote, você pode fazer
for i in /usr/bin; do dpkg -S "$i" || echo "$i" >> ~/notfrompackages.txt; done
e escreverá em notfrompackages.txtuma lista de todos os arquivos nos /usr/binquais foramnãoinstalado a partir de um pacote.