Eu tenho um laptop com 14.04 instalado e tenho Ubuntu nesta máquina desde 12.04. Percebo que tenho "duplicados" (versões antigas) de alguns programas, nomeadamente o update manager, pertencentes tanto às versões mais antigas como às novas. Existe uma boa maneira de limpar isso daqui?
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Infelizmente não posso te dar uma resposta para o seu problema, mas posso te dar algumas dicas para tentar entender o que está acontecendo.
Quando você atualizou seu sistema, todos os aplicativos instalados com apt-get/Software Center também tiveram que ser atualizados, e quando um pacote é atualizado ele substitui a versão anterior, então eu realmente não sei como você pode ter 2 versões do Update Manager.
Se algum desses aplicativos foi instalado manualmente, você poderá ter duas versões (a que você instalou manualmente e a gerenciada pelo sistema). Neste caso basta retirar um e usar o outro.
Em relação aos inicializadores duplicados: eles são armazenados em /usr/share/applications(em todo o sistema) e ~/.local/share/applications(visíveis apenas para o seu usuário). Você pode verificar esses dois locais e ver se não há iniciadores duplicados.
Se tiver problemas para identificar qual iniciador pertence a cada aplicativo, você pode iniciar cada item duplicado e executar o seguinte comando em um terminal:
$ xprop | grep DESKTOP_FILE
Seu cursor mudará para uma cruz. Em seguida, clique na janela desse aplicativo. Você pode obter (nem todos os aplicativos fornecem essas informações) uma saída semelhante à seguinte:
$ xprop | grep DESKTOP_FILE
_NET_WM_DESKTOP_FILE(STRING) = "/usr/share/applications/gnome-terminal.desktop"
No meu caso, cliquei na janela do terminal. Você clicaria em ambas as versões lançadas e, com sorte, encontraria dois caminhos diferentes até lá.