Na minha unidade local de uma pasta, quando adiciono'.'seguido pelo nome da pasta e pressioneCtrl+H, a pasta fica invisível, mas uma vez que eu feche a unidade e a abra novamente, os arquivos ocultos ficam automaticamente visíveis sem pressionarCtrl+H. Então, como ocultar uma pasta permanentemente.
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Acredito que você precise desligar manualmente o "." os arquivos podem ser visualizados acessando o menu "editar" -> Preferências e desativando a opção "Mostrar arquivos ocultos e de backup".
Acho que agora isso deve ocultar permanentemente os arquivos. Espero que isto ajude.