Existe uma maneira de ter duas versões do mesmo pacote (no meu caso virtualbox-5 e virtualbox-4.1) instaladas lado a lado? Parece haver um problema específico que só posso resolver com o 4.1, mas não quero remover a versão mais recente, porque outras coisas funcionam bem com isso e não quero consertar algo que está funcionando :)
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No que diz respeito ao VirtualBox, não acredito que seja possível manter duas versões instaladas - cada uma utiliza muitas coisas que são compartilhadas e terá conflitos de versão com ambas instaladas. (Incluindo, entre outros, redes virtuais, que são utilizadas com as Máquinas Virtuais para fornecer interfaces de rede virtuais)
Alguns pacotes podem ser instalados simultaneamente (por exemplo, múltiplas gccversões do compilador), pois cada um deles compartilha diferentes conjuntos de bibliotecas que não usam os mesmos recursos. Existem alguns pacotes de servidores que também podem ser instalados lado a lado (várias versões de servidores PostgreSQL, por exemplo). No entanto, não acho que o VirtualBox seja esse pacote.