É possível diminuir o comprimento do lançador de unidade como docky? NÃO tamanho.
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a menos que você entre no código e o hackeie, você também precisará lidar com outro código que assume sua largura total.
Provavelmente seria mais fácil mudar para algo como gnome3 em vez da unidade que você deseja esse comportamento.
Isso explica como habilitar o gnome3 http://www.webupd8.org/2016/04/how-to-install-gnome-320-in-ubuntu.html