Eu uso o i3 desktop no Arch Linux e uso o nemo como explorador de arquivos. Quando em qualquer aplicativo eu utilizo a opção de mostrar no explorador de arquivos, aparece uma janela do navegador carregando file://path/to/folder.
Gostaria de configurar o sistema para usar o nemo.
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Você pode chamar o nemo com a opção --no-desktop:
nemo --no-desktop