Não consigo jogar starcraft 1 no shell do Gnome (muito lento), na unidade funciona perfeitamente.
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Isso pode ter a ver com o Compiz, também pode ter a ver com seus drivers gráficos, mas não tenho certeza de qual ou se há mais coisas que estou perdendo.
Verifique o compiz para ter certeza de que o estado é o mesmo no Unity e no Gnome e verifique quais drivers gráficos estão em uso.
Posso estar faltando outras variáveis em jogo aqui.
Editar: acabei de lembrar que o Starcraft não roda nativamente no * nix, então você deve usar o wine - verifique as configurações do wine para ver se há diferenças quando você executa no Gnome em comparação com o Unity.
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mutter pode obter aceleração 3D do seu cartão, e o compiz não, o compiz teve muito trabalho ao longo dos anos para ajudar a acelerar aplicativos 3D em tela cheia