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Tenho habilidades em Java e C#.
Primeiro dei uma olhada mais de perto em Java (Eclipse com Windowbuilder-Plugin). - Swing: Mas não há suporte natvie GUI para GTK3 (por exemplo, o HUD parece não funcionar)
Aí olhei para JAVA - SWT: É muito pesado. Quero codificar um pequeno aplicativo que melhore a área de trabalho do Ubuntu. Não quero enviar um programa com o Eclipse incluído.
Depois disso encontrei C# Mono (Monodevelop): GTK# está disponível apenas para GTK2. Uma porta GTK3 chegará em breve, mas é possível converter o programa de GTK2 para GTK3 sem adaptações extras? A próxima coisa ruim é que o Mono agora foi retirado do Ubuntu LTS 12.04. Portanto, não tenho chance de que meu aplicativo seja um aplicativo padrão em um live CD oficial do Ubuntu. (Esse também é um fator para eu escolher uma linguagem de programação).
Sei que existem outras tecnologias mas quero usar como linguagem de programação Java ou C#.
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Aí eu estava em JAVA - SWT: É muito pesado. Quero codificar um pequeno aplicativo que melhore a área de trabalho do Ubuntu. Não quero enviar um programa com o Eclipse incluído.
Eu sugeriria não descartar Java e SWT com base nisso. Se você deseja algo em Java que realmente pareça nativo, SWT é sua melhor opção. O WindowBuilder do Eclipse também suporta isso. Você está claramente entendendo mal o que precisa enviar com seu aplicativo. Você não precisa enviar o Eclipse, apenas os frascos do SWT. A menos que seu aplicativo seja realmente simples, é provável que você precise depender de frascos de terceiros em um ponto ou outro (ou enviar o seu próprio de qualquer maneira).
A principal diferença com o Swing é que você precisa enviar o jar SWT certo para a plataforma certa (por exemplo, x86_64). Na verdade, não é tão difícil de fazer e pode ser empacotado adequadamente com um sistema de compilação adequado.