Tenho sorte de que o espaço no disco rígido não seja um problema, mas existem aplicativos que vêm com a distribuição Ubuntu que nunca usarei e tenho preferências por outros pacotes. Por exemplo, eu uso K3B e não Brasero para gravar DVDs. Há algum problema de suporte ou estabilidade do LTS se eu remover pacotes indesejados/não utilizados do meu sistema?
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Por exemplo, Brasero faz parte do meta pacote Ubuntu-desktop,http://packages.ubuntu.com/oneiric/ubuntu-desktop, A remoção de pacotes que fazem parte deste meta-pacote desinstalará o meta-pacote ubuntu-desktop, embora isso realmente não faça muita coisa em sua área de trabalho.
Personalização é o objetivo do Linux, use o programa melhor para você e remova aqueles que você não deseja.
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Contanto que os pacotes sejam dos repositórios do Ubuntu, você deve estar pronto. Você sempre pode encontrar um bug, é claro, mas não há nada de errado com seu plano geral.
Se você pretende fazer customização, às vezes é mais fácil começar com uma instalação e construção mínimas.
https://help.ubuntu.com/community/Installation/MinimalCD
Há uma curva de aprendizado na construção a partir de uma instalação mínima, mas depois que você pega o jeito, muitas pessoas preferem instalações mínimas.