Possível duplicata:
Por que não consigo sincronizar uma pasta de outra partição/unidade no Windows?
MeuUnidade Cestá cheio e o Ubuntu One está ocupando muito espaço
Posso alterar o local padrão da pasta Ubuntu One no Windows da unidade c para a unidade d
Responder1
Tente mover sua pasta do Ubuntu para a unidade D e execute este comando no cmd
mklink /D C:\path\to\where\ubuntuone\expects\folder D:\path\to\where\folder\really\is
Isso deve criar um link simbólico para a pasta do Ubuntu. Como observo, é também assim que movo meus jogos Steam para partições separadas.