Estou bastante acostumado com o winmerg quando trabalho no Windows, e ele tem um recurso muito bom.
Ele adiciona uma opção ao menu de contexto do explorer que diz 'comparar com...' na primeira vez que você o usa e depois diz 'comparar' e 'alterar a primeira pasta'.
Quando você clica em comparar, ele inicia o winmerge com as duas pastas comparadas.
Existe alguma maneira de conseguir o mesmo no nautilus para fusão?
No momento estou executando-o na linha de comando, passando os dois diretórios como parâmetros
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Você simplesmente precisa instalar o nautilus-comparepacote para ter um menu de contexto semelhante.