Vejo isso acontecer no Ubuntu 12.04. Quando eu conecto um cartão SD que contém bootpartições rootfs, apenas ele rootfsé montado automaticamente, mas não a inicialização. A única diferença entre os dois é que boota partição é do tipo FAT32 enquanto rootfsé do tipo ext4.
Então eu entendo que o Ubuntu não monta automaticamente o FAT32. Mas por que isso acontece?
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A filosofia do Linux é não causar danos. Portanto, montar qualquer coisa automaticamente sem o seu conhecimento não é uma boa ideia. Se não estiver montado, é seguro. Se fosse montado automaticamente, eu faria a pergunta oposta.
Segurança primeiro!
Além disso, as partições NTFS nem SEMPRE são montadas automaticamente, provavelmente pelo mesmo motivo.