Um exemplo do que estou falando é essa animação doWikipédia. Estou executando 32 bits 12.10, se for relevante. Por favor descreva passo a passo, com imagens (capturas de tela com as áreas apropriadas (mencionadas no texto) destacadas) como devo criar esses arquivos gif com o software que você nomeia.
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QuteMol
Visão geral
QuteMolproduz algumas das mais belas visualizações moleculares que já vi. O software é FLOSS e está disponível nos repositórios oficiais.
Descrição
QuteMol é um sistema de visualização molecular de código aberto (GPL), interativo e de alta qualidade. QuteMol explora os recursos atuais da GPU por meio de shaders OpenGL para oferecer uma variedade de efeitos visuais inovadores. As técnicas de visualização QuteMol visam melhorar a clareza e facilitar a compreensão da forma e estrutura 3D de moléculas grandes ou proteínas complexas.
Oclusão de ambiente em tempo real
Aprimoramento da silhueta com reconhecimento de profundidade
Modos de visualização Ball and Sticks, Space-Fill e Liquorice
Instantâneos suavizados de alta resolução para criar renderizações com qualidade de publicação
Geração automática de gifs animados de moléculas rotativas para animações de páginas da web
Renderização em tempo real de grandes moléculas e proteínas (>100 mil átomos)
Entrada PDB padrão
Suporte como plugins do NanoEngineer-1 o programa de modelagem e simulação de nanocompósitos (novo!)
QuteMol foi desenvolvido por Marco Tarini e Paolo Cignoni do Laboratório de Computação Visual do ISTI - CNR.
Captura de tela
Instalação
QuteMol Para instalar o QuteMol em todas as versões atualmente suportadas do Ubuntu, abra o terminal e digite:
sudo apt install qutemol
Observação: A versão do Ubuntu parece ter vários bugs. Alguns elementos menores da interface do usuário não funcionam corretamente e a renderização às vezes produzirá estruturas dismórficas. O último ponto parece acontecer principalmente quando se trabalha com moléculas pequenas. Todos esses problemas podem ser resolvidos executando o QuteMol no WINE ou PlayOnLinux.
Tentei construir o QuteMol a partir do código-fonte para ver se os problemas estão restritos à versão nos repositórios, mas acabou sendo uma tarefa ridiculamente difícil e não funcionou muito bem.
Uso
Uso Básico
QuteMol é muito fácil de usar. Abra um arquivo PDB de sua escolha, ajuste a visualização e clique no botão exportar:
Certifique-se de escolher o formato GIF:
Selecione o modo de renderização de sua preferência. Você pode definir a contagem de FPS ajustando o tempo de rotação da animação e o número de quadros:
Modos de renderização
Modo de rotação completa:
Modo de inspeção:
Modo de seis lados:
Metadona (conforme descrito na pergunta):
(As configurações de orientação e sombreamento variam um pouco, mas podem ser idênticas com alguns ajustes aqui e ali)
Encontrando dados estruturais
Bancos de dados PDB
QuteMol leva.pdbarquivos padrãocomo sua entrada. Este formato é mais comumente usado para proteínas e outras macromoléculas, mas também pode ser usado com moléculas pequenas. Você pode encontrar uma grande seleção de arquivos macromoleculares .pdbnoBanco de dados de proteínas.
Bibliotecas estruturais igualmente ricas para moléculas pequenas que vêm com .pdbdownloads são difíceis de encontrar, mas você pode tentar a sorte em uma destas:
Outros bancos de dados que podem ou não oferecer arquivos PDB podem ser encontradosaqui.
Só para você começar, carreguei o arquivo PDB que usei para Metadonaaqui. Este pode funcionar melhor na versão WINE/PoL.
Outras maneiras de obter arquivos PDB
Você também pode obter .pdbarquivos convertendo-os de outros formatos mais onipresentes, como .molarquivos MDF. Você pode fazer isso com o babel, uma poderosa ferramenta de linha de comando que converte entre vários formatos estruturais químicos diferentes. Instale-o com
sudo apt-get install babel
babelé muito simples de usar. Basta especificar a entrada do arquivo e a saída desejada e deixá-lo fazer sua mágica:
babel methadone.mol methadone.pdb
Ou se você quiser que o babel adicione hidrogênios implícitos:
babel -h methadone.mol methadone.pdb
Você também pode alterar o estado de protonação definindo o pH:
babel -h -p 6 methadone.mol methadone.pdb
Apenas certifique-se de usar arquivos com informações estruturais tridimensionais, caso contrário, sua .pdbsaída não fará sentido.
Boas fontes para arquivos 3D MOL/SDF sãoPubchemeZINCO. Certifique-se de escolher a opção 3D SDF ao baixar arquivos:
Opções adicionais de exportação
GIFs são bons para publicação na web, mas devido ao seu tamanho e outros problemas, podem ser uma tarefa árdua quando usados em apresentações. Para este caso de uso específico, escrevi um script Nautilus que converte rapidamente arquivos GIF em vídeos MPEG4:
#!/bin/bash
# NAME gif2mp4 0.1
# AUTHOR Glutanimate (c) 2013 (https://askubuntu.com/users/81372/glutanimate)
# LICENSE GNU GPL v3 (http://www.gnu.org/licenses/gpl.html)
# DESCRIPTION Converts GIF files of a specific framerate to MP4 video files.
# DEPENDENCIES zenity,imagemagick,avconv
TMPDIR=$(mktemp -d)
FPS=$(zenity --width 200 --height 100 --entry --title "gif2mp4" --text="Please enter the frame rate.")
VIDDIR=$(dirname $1)
if [ -z "$FPS" ]
then
exit
fi
notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "Converting $(basename "$1") ..."
convert $1 $TMPDIR/frame%02d.png
avconv -r $FPS -i $TMPDIR/frame%02d.png -qscale 4 "$VIDDIR/$(basename "$1" .gif).mp4"
notify-send -i video-x-generic.png "gif2mp4" "$(basename "$1") converted"
rm -rf $TMPDIR
Amostra de saída:https://www.youtube.com/watch?v=odLnUwj8r4g
As instruções de instalação podem ser encontradas aqui:Como posso instalar um script Nautilus?
PyMOL
Visão geral
QuteMol é um pequeno programa fantástico, mas bastante restrito em termos de modos de renderização e manipulação de imagens. Para um tratamento mais avançado da visualização composta, você pode querer dar uma olhadaPyMOL. Um tutorial sobre como criar animações simples pode ser encontradoaqui. Eu teria escrito um tutorial aqui, mas não sou proficiente o suficiente com PyMOL para fazer isso.
Uma última coisa, no entanto. Se você deseja obter uma fidelidade gráfica semelhante com o PyMOL e com o QuteMol, você deve verificar estas entradas do blog:
http://cupnet.net/ambient-occlusion-pymol/
http://lightnir.blogspot.de/2008/09/cute-molecules.html
Captura de tela
Espero que você tenha achado útil esta pequena visão geral das opções de renderização. Se houver algum erro nesta postagem, sinta-se à vontade para editá-lo.
Responder2
Eu recomendaria olhar para oUbuntuCiênciapacotes para você começar.
Existem vários pacotes de software voltados para programação e visualização que já estão disponíveis nos repositórios principais.
Como exemplo, vamos dar uma olhada em gdis, sob oQuímicaseção sobre oUbuntuCiênciapágina.
Este software específico é um"Um programa de exibição molecular que suporta renderização OpenGL e POVRay."
Para instalar gdis, execute os seguintes comandos em seu terminal (ctrl+alt+T):
sudo apt-get install gdis
Para instalar este pacote, também será necessário instalar as seguintes dependências:
gdis-data
openbabel
Depois de instalado, abra o programa no menu.
No meu caso, executando o Xfce, eu iria ao Menu Aplicativos -> Educação -> GDIS Data Modeler. Ou, alternativamente, você pode abrir o terminal (ctrl+alt+T) e digitar gdis.
Depois de abrir o aplicativo, vá em Arquivo -> Abrir.
- A partir daí, navegue até
/usr/share/gdis/modelspara abrir um arquivo de amostra:
-- Para este exemplo, abra o arquivo /usr/share/gdis/models/arag.gin:
Para executar uma animação rotacional da molécula:
- Selecione o ícone de gravação na barra de ferramentas:
- Clique com o botão direito na molécula e arraste o mouse por alguns segundos
- Retorne ao menu -- Selecione Ferramentas --> Visualização --> Animação -- Agora, selecione o botão Play para reproduzir sua manipulação da molécula:
Para um tour básico do GDIS, dê uma olhada em seustutoriais.
Responder3
Molgif
Você também pode usarmolgif. É uma ferramenta de linha de comando para produzir animações Gif de moléculas a partir de arquivos xyz.
molgif cafeína.xyz
