Observo que há perguntas semelhantes sobre como remover a GUI de uma instalação do Ubuntu, então conheço a técnica, só estou me perguntando se vale a pena fazer isso?
Para explicar, tenho um servidor Ubuntu hospedando OpenVPN que está funcionando perfeitamente. Não preciso da GUI e sei que um servidor que não possui a GUI tem uma superfície de ataque menor e uma necessidade reduzida de atualização, pois há menos componentes em execução, então é uma boa ideia desinstalar a GUI?
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Se você não precisar dele, desinstale-o. Como você previu, isso reduzirá o tempo necessário para atualização e reduzirá a superfície de ataque.