eu quero instalarANARCIno RHEL 6. Tenho o Python 2.7.7 instalado. Como você pode ler na página inicial, ANARCI requer Python 2.6+ e HMMER3. Baixei o anarci tar.gz e descompactei. Instalei com
python setup.py install --prefix=/tmp/anarci
Mas quando executo /tmp/anarci/bin/ANARCI -h, não mostra nenhum módulo chamado ANARCI.
Como especifico a dependência do HMMER neste caso. Como posso instalar o ANARCI?
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Obrigado pela resposta. Suas sugestões funcionaram para mim, a única coisa que mudei foi que depois do python, tenho que anexar pacotes de sites ao PYTHONPATH.
Então export PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/site-packages/:$PYTHONPATH fez o trabalho.
Na segunda-feira, 29 de maio de 2017 às 18h53, Dunbar, James escreveu: Olá Prashant,
Desculpas pela resposta lenta.
O módulo anarci python precisa estar em sua variável de ambiente PYTHONPATH e o binário hmmscan (de hmmer3) em seu PATH.
por exemplo, com uma primeira execução do shell bash:
exportar PYTHONPATH=/tmp/anarci/lib/python/:$PYTHONPATH exportar PATH=/tmp/HMMER-3.1/binaries/:$PATH
então: /tmp/anarci/bin/ANARCI
Espero que ajude. Deixe-me saber se você tiver mais alguma dúvida.
Atenciosamente, Tiago
Em 29 de maio de 2017 às 15h13, James Dunbar escreveu:
---------- Mensagem encaminhada ---------- De: Prashant Shete <[e-mail protegido]> Data: 22 de maio de 2017 às 20h18 Assunto: Numeração de anticorpos - ANARCI Instalar para:[e-mail protegido]
Olá James,
Eu tentei instalar o ANARCI dehttp://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/sabdab-sabpred/ANARCI.php
Como diz, requer python 2.6+ e HMMER3. Baixei anarci tar.gz , descompactei e executei python setup.py install --prefix=/tmp/anarci na máquina RHEL 6.
Eu também baixei o HMMER-3.1, fiz make, make install com o prefixo /tmp/HMMER-3.1.
Mas quando executo /tmp/anarci/bin/ANARCI ele não mostra nenhum módulo chamado anarci. É porque não especifiquei a dependência do HMMER? Se sim, como posso fazer isso.