eu usoClustalXpara alinhar algumas sequências excepcionalmente grandes na minha área de trabalho doméstica, isso leva mais de uma semana para ser concluído e funciona bem abaixo da capacidade máxima da máquina.
O top | grep clustalxfornece a seguinte saída
5985 @nome de usuário 0 -20 1971048 105428 9012 R 99,9 2,7 5829:27 clusterx
Ele mostra que o uso da CPU é de aproximadamente 100 e o uso de memória é de aproximadamente 3% de RAM. Mas o monitor do sistema diz o contrário,
Existem 2 núcleos de CPU rodando no máximo na imagem, isso porque estou usando o firefox e o monitor do sistema, caso contrário é apenas um. Também defini a prioridade do clustalx Very highe, ainda assim, não pude ver nenhuma melhoria considerável.
O que mais devo fazer para utilizar mais CPU e RAM. Qualquer sugestão seria útil.
Média de carga ~ 2,7 (quando também estou usando outros programas)
Eu vi a seguinte postagem relacionada a isso, mas eles não respondem à minha pergunta:
Como aumentar o uso da CPU [fechado]
Especificações do sistema:
Ubuntu 64 bits 14.04 LTS em partição HDD de 154 GB, 4 GB de RAM, CPU Intel Core i3-4130 @ processador de 3,40 GHz × 4 e swap de 10 GB.
Especificação do programa: ClustalX para Linux - Usado no alinhamento de sequências biológicas.
Para determinar se meu programa é de 32/64 bits, usei
find /usr/bin/clustalx
/usr/bin/clustalx: executável ELF LSB de 64 bits, x86-64, versão 1 (SYSV),...
Responder1
Fácil: execute seu programa quantas vezes você tiver núcleos...
Eu faço o mesmo para transcodificar vídeo em vários formatos: nem todos os codificadores de vídeo são compatíveis com vários núcleos/multi-CPU, então executo um encore de vídeo para uma resolução em um núcleo e no outro (com linha de comando diferente). parâmetros) em outro núcleo.
Revisores de baixa qualidade:alguns problemas complexos têm soluções extremamente simples.
Responder2
De acordo com isso:
https://www.biostars.org/p/44231/
parece que clustalx terá apenas um núcleo e você precisará usar clustal ômega ou mafft.