O arquivo seria corrompido no destino ou o rsync faria algo como verificar os hashes novamente para fazer uma cópia exata que corresponda à origem?
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Quando o rsync é iniciado, ele cria uma lista de arquivos e começa a copiar esses arquivos. Esta lista de arquivos não está sendo atualizada durante a execução. Os dados reais são então copiados.
Há uma chance de que o rsync possa realmente corromper seu arquivo. Quando o rsync começa a ler um arquivo e um aplicativo grava esse arquivo ao mesmo tempo, você pode acabar com um arquivo corrompido.