Nos arquivos Nautilus, clicar duas vezes para abrir com o aplicativo padrão não faz nada. Clicar com o botão direito e clicar em Abrir com o aplicativo padrão não faz nada. Alterar as preferências para clique único para abrir itens e, em seguida, clicar uma vez também não faz nada.
A única maneira de abrir um arquivo é clicar com o botão direito e, em seguida, Abrir com outro aplicativo e selecionar o padrão ou outro aplicativo.
Nova instalação do Ubuntu 18.04
A reinstalação do nautilus não ajudou, infelizmente. Mesmo comportamento. Tentei todas as soluções neste tópico (exceto instalar o Nemo)Não é possível abrir pastas da área de trabalho clicando duas vezes no Ubuntu 17.10, nada ajudou.
Finalmente instalei o Nemo do Ubuntu Software Center e funciona muito bem. (Esta é uma solução alternativa, não uma solução real, por isso não estou chamando isso de resposta.)