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Nunca tema! O Debian (e, por extensão, o Ubuntu) inclui os-prober na configuração padrão do GRUB. Isso significa que simplesmente chamar update-grub atualizará a instalação do GRUB e detectará quaisquer outros sistemas operacionais instalados. Chamá-lo do Ubuntu não deve interromper a instalação do Fedora.
Observe que, por padrão, update-grub também é chamado em cada atualização do pacote grub ou do kernel. A menos que você tenha configurado especificamente o GRUB de uma maneira incomum, provavelmente não precisará atualizar o GRUB (se o GRUB estiver instalado no Ubuntu e não no Fedora).
Você só precisa de uma instalação do GRUB: você pode ter dois discos, com duas instalações, mas isso é desnecessário. O GRUB é bom para inicializar quase qualquer outro sistema operacional: eu tenho uma máquina Windows/Debian com inicialização dupla e o Windows inicializa sem nunca perceber que não é a primeira coisa a iniciar após o POST.