Não encontrar os controles da janela onde existiam é uma coisa muito chata. Somente os aplicativos Gnome com ações na barra de título apresentam esse problema. Quaisquer dicas para depuração são bem-vindas.
Embora não tenha certeza, acredito que os problemas começaram após a instalação do Something for Reddit doInstale o aplicativo Reddit Gnome ‘Something for Reddit’ no Ubuntu. Poderia ser algum problema com alguma dependência que veio junto?
A versão do Shell é 3.24, Ubuntu 17.04