[Não é importante, Ubuntu 17.10]
Com LightDM, consegui modificar um arquivo chamado '50-xserver-command.conf' para poder adicionar a opção -retro (só porque pude e queria); no entanto, com o novo gerenciador de exibição, não consigo encontrar um local para adicionar ou modificar esses argumentos do servidor. Se existir, onde está?
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O arquivo .conf ao qual você está se referindo(Presumo que esteja colocado em /etc/X11/xorg.conf.d/)não era específico para LightDM ou GDM, ele está sendo lido pelo XServer quando você inicia uma sessão gráfica X11 a partir de um gerenciador de exibição.
Portanto, para a sessão X11, nada mudou. No caso do Wayland, todo o XServer é substituído por um compositor, então você deve passar os argumentos diretamente para ele. Por exemplo, para o compositor Gnome, você pode adicionar argumentos ao arquivo /usr/share/wayland-sessions/gnome.desktopna linha com Exec=.
Mas observe que os Wayland Compositors teriam um conjunto totalmente diferente de argumentos, então tudo o que funcionou para o X11 quase definitivamente não funcionará para o Wayland.(ou seja, pode haver argumentos de funcionalidade análoga, mas eles devem ser escritos de forma diferente). Dito isto, acho que a maneira correta de alterar o comportamento de um compositor Wayland é através de suas configurações. Por exemplo, as configurações de balanço são armazenadas em ~/.config/sway/config.
E certifique-se de reverter suas alterações a partir de uma linha de comando pura, porque se for experimentar, você definitivamente poderá acabar com uma sessão gráfica interrompida, então precisará corrigi-la a partir de um TTY.