O que as configurações de arquivo no Synaptic Package Manager excluem? Por exemplo, para que servem os arquivos temporários e históricos? Você precisa deles para alguma coisa?
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O botão “Excluir arquivos de pacotes em cache” exclui os pacotes armazenados no cache de pacotes do sistema ( Dir::Cache::archivese seu partialsubdiretório, normalmente /var/lib/apt/cache). Eles não são necessários para o uso normal do sistema, eles só são úteis se você precisar reinstalar um pacote — eles salvarão um download ou, nos casos em que um pacote foi descartado dos repositórios, ativarão a reinstalação o que de outra forma não seria possível.
(Eu uso apt-get autocleanjunto com APT::Clean-Installedset to falsepara cortar meu cache de pacotes e ainda garantir que posso reinstalar os pacotes; apt-get autocleancorresponde à configuração “Excluir apenas pacotes que não estão mais disponíveis” no Synaptic.)
Os arquivos de histórico são usados no navegador Histórico no menu Arquivo. Eles não são necessários para mais nada.