Gostaria de saber se é possível combinar o tipo de protocolos de aplicativos/camada de aplicativos usando a extensão de correspondência de string iptables?
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Sim, é possível,
Se você conhece uma string exclusiva especificamente para esse aplicativo ou clientes que usam esse aplicativo, inclua-a nos pacotes de comunicação.
Mas se estiver criptografado, provavelmente você não conseguirá.