Remova o padrão de lacuna dos arquivos

Question

Quero remover lacunas (-). se a lacuna for encontrada contínua> 10 em todos> Tem na mesma posição, remova todas as lacunas e também remova as sequências ou lacunas da consulta na mesma posição que estão em Tem. Exemplo Se a lacuna no 1º modelo e não a lacuna no 2º modelo, não remova a lacuna.
Exemplo de arquivo de entrada

>Tem1.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Tem2.pdb
------------------------------------------------------------
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_seq
PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA

O arquivo deve ficar assim

>Temp1
--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI
TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA
>Temp2
--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI
IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA
>Query_se
ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI
LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA

Answer 1

Você pode fazer isso em python:

import re

tem1 = [ "------------------------------------------------------------",
    "--------------------------------GETLGEKWKKKLNQLSRKEFDLYKKSGI",
    "TEVDRTEAKEGLKRGETT-HHAVSRGSAKLQWFVERNMVIPEGRVIDLGCGRGGWSYYCA"
]

tem2 = [ "------------------------------------------------------------",
   "--------------------------------GRTLGEQWKEKLNAMSREEFFKYRREAI",
   "IEVDRTEARRARRENNIVGGHPVSRGSAKLRWLVEKGFVSPIGKVIDLGCGRGGWSYYAA"
]

query  = [ "PKFEKQLGQVMLLVLCAGQLLLMRTTWAFCEVLTLATGPILTLWEGNPGRFWNTTIAVST",
    "ANIFRGSYLAGAGLAFSLIKNAQTPRRGTGTTGETLGEKWKRQLNSLDRKEFEEYKRSGI",
    "LEVDRTEAKSALKDGSKI-KHAVSRGSSKIRWIVERGMVKPKGKVVDLGCGRGGWSYYMA"
]

for line in  range(2):
    if re.search("^-*$", tem1[line]) and re.search("^-*$", tem2[line]):
            tem1.pop(line)
            tem2.pop(line)
            query.pop(line)

print(tem1, tem2, query)

Agora tudo que você precisa fazer é analisar seu arquivo de entrada e formatar seu arquivo de saída