
Ao executar o Windows Live Messenger no Windows 7, ele não será minimizado no ícone da bandeja. Definir o aplicativo para o modo de compatibilidade do Windows Vista fará com que ele funcione.
Esta solução alternativa está bem descrita em muitos artigos, por exemplo
Como o modo de compatibilidade altera o comportamento de minimização do Windows Live Messenger? Presumo que o Windows Live Messenger não verifique como está configurado, portanto deve haver algo no sistema operacional fazendo isso.
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O Messenger verifica se está sendo executado no Windows 7 e altera seu comportamento quando está sendo executado no Windows 7.
Se você marcá-lo como executado no modo de compatibilidade do Vista, ele não saberá que está no Windows 7 e, portanto, será minimizado na bandeja, já que essa é a operação desejada do Vista.