Existe uma ferramenta de linha de comando gratuita para Windows que pode pegar um arquivo de texto (com lista de arquivos) e colocar todos esses arquivos em uma pasta remota (ftp, stps, sftp).
Atualmente estou usando uma ferramenta separada para cada um dos protocolos mencionados e agora quero uma única ferramenta que funcione com FTP, FTPS e SFTP.
Nenhuma solução baseada em cygwin e nenhuma versão de teste, por favor. Tudo bem, se não for de código aberto.
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Ainda não tentei, masWinSCPé de código aberto e suporta scripts/automação