Alguém sabe disso?
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Na verdade, não uso o Zend Studio, porém ele é baseado na plataforma Eclipse. Para uma instalação padrão do Eclipse, normalmente Ctrl+ /é mapeado para alternar comentários. Também vi Ctrl+ /mapeado para comentar e Ctrl+ \usado para descomentar.
Você sempre pode verificar a vinculação de teclas acessando Janela-> Preferências e selecionando "Chaves" no ramo "Geral" das configurações.