As únicas referências que vejo ao GIT no Aptana Studio 3 (a versão independente) estão nas preferências onde o único campo é identificar um executável (preciso fazer isso?) e importar um projeto, onde solicita um uri de repositório. Não vejo nenhum lugar para configurar as informações do usuário para um repositório específico e, se precisar instalar um plugin, não há lugar para fazer isso.
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Na seção App Explorer, deve haver um ícone de engrenagem, clique nele e, em seguida, clique em inicializar git...
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O seguinte funcionou no meu Mac OS:
Abra Preferências → Equipe → Git e tente alterar o caminho do "Git Executable" para /usr/local/git/bin/git.
No Windows, você encontrará as preferências aqui: Janela → Preferências → Equipe → Git.
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Primeira pergunta e, desculpas se isso for óbvio, mas você instalou o Git no seu sistema? No meu Mac, eu tive que instalar o Git primeiro, antes de poder usá-lo no Aptana.
Depois de verificar se o Git está instalado em seu sistema Win, Mac ou 'Nix, abra o Aptana e defina o executável no painel de preferências do Git que você anotou em sua pergunta.
A partir deste ponto, você deverá ter opções de Git do Aptana. Na visualização do App Explorer, há um ícone de roda dentada que, quando clicado, agora oferece opções do Git. Além disso, se você clicar com o botão direito em um arquivo no App Explorer, também terá opções do Git disponíveis.