Ao usar o ssh, meus arquivos serão enviados pela internet ou pela rede LAN? Como configurar corretamente?
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Dependendo se a máquina remota está na mesma LAN ou em uma rede remota com a Internet intermediária. O SSH, por definição, é criptografado, portanto criará um túnel entre sua máquina e a máquina remota.
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SSH é um protocolo cliente-servidor. Como tal, será encaminhado diretamente para o sistema remoto. Para sistemas na sua LAN, o tráfego será roteado pela LAN. Para sistemas na Internet, mas não na sua LAN, o tráfego será roteado pela Internet.
Os firewalls podem impedir o acesso de e/ou da Internet.
EDIT: senti falta de responder ao seu título. O SSH geralmente recebe sinalização de QOS (Qualidade de Serviço) para entrega mais rápida pela rede. Isso pode ser modificado por firewalls, mas eu faço isso com frequência. Nenhuma configuração deve ser necessária para que isso funcione.
O principal fator de velocidade para conexões SSH é a latência ponta a ponta. Isso depende da capacidade de rede disponível e da distância entre o cliente e o servidor. Para SCP o tamanho da janela de rede também pode ser um fator.