Encontrei um guia que ajuda a ativar o controle remoto do Ubuntu a partir do login gráfico. Estou usando o servidor EC2 e preciso habilitá-lo usando a linha de comando do PuTTY.
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Você deve tentar usar a opção de encaminhamento X11 em SSH->X11 ou a opção de encaminhamento de porta em SSH->Túneis.
Por exemplo, você pode encaminhar a porta 3389 para uma rede à qual está se conectando e, em seguida, usar o programa "Remote Desktop Connection" (no Windows 7, talvez em outros também) para conectar-se a outra máquina Windows ou a qualquer máquina executando um servidor RDP ( por exemplo, xrdp para Linux).
O RDP geralmente é mais rápido que VNC ou X11, mas não é seguro (exceto que é criptografado por meio da conexão SSH).