Estou executando o Debian Testing e tentando fazer com que o Chrome manipule links no Gmail (geralmente aberto), em vez de executar o KMail (que provavelmente é meu aplicativo de e-mail padrão). Lembro que existia uma maneira de fazer isso no Iceweasel, alguém sabe se isso funcionaria no Chrome também?
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Existe uma extensão do Google ChromeMailto: para Gmail™isso faz o que você quer.
Você já experimentou?