Eu tive inicialização dupla do Linux Ubuntu e Windows no meu computador. Usei o Gparted para remover as partições do Linux Ubuntu, agora não consigo entrar no Windows.
Acho que tem algo a ver com o Linux BootLoader?
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Se você não restaurou o MBR, provavelmente essa é a causa. Existe um guia completo para todo o processo em "Como desinstalar com segurança o Ubuntu de uma inicialização dupla"
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O Linux usa GRUB - um bootloader encadeado que também está fora de 512 bytes do MBR. Você escolhe instalar o grub no MBR em vez da opção padrão - primeiro setor da partição. O FreeBSD possui bootloader que permite escolher partições de boot facilmente (em 1 setor)