Temos que reinstalar este software específico com configurações diferentes a cada vez.
Seria possível fazer um script ou algo assim (qualquer ideia é uma boa ideia) para poder pré-definir as opções/atributos que você gostaria que o instalador habilitasse e fizesse o processo de instalação para você?
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Descubra se o programa oferece MSI, o que facilitará esse caminho.
Eu tentaria abrir o MSI com uma ferramenta como o ORCA, o editor MSI da Microsoft.
Se o MSI não tiver nenhum recurso de instalação autônoma documentado, você poderá usar o ORCA para descobrir se ele oferece suporte a instalações autônomas e as opções de linha de comando que você precisa usar para torná-lo bem-sucedido.
Para os fracos de coração, não recomendo alterar o MSI. Mas é possível alterar os MSIs para tornar as instalações mais difíceis autônomas.
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No Windows, a maioria dos aplicativos é instalada executando um aplicativo/arquivo compatível com MSI (Microsoft Installer).
Os MSIs contêm uma grande quantidade de lógica de instalação, configurações, mecanismos de configuração, muitas vezes complexos, etc. Embora você possa desmarcar um MSI, modificá-lo e reempacotá-lo de acordo com sua preferência, isso pode resultar em configurações de aplicativos gravemente quebradas.
Diferentes aplicativos se configuram de maneiras diferentes - alguns usam o registro, alguns usam arquivos de configuração XML, outros usam arquivos de configuração com seu próprio formato. Alguns usam vários pontos de configuração – registro, arquivos, etc.
Se você realmente deseja configurar este aplicativo, recomendo tentar descobrir onde ele guarda todos os seus dados de configuração. Em seguida, você pode escrever o script necessário para permitir modificar o registro e/ou modificar o(s) arquivo(s) de configuração do aplicativo com as configurações desejadas.
Entenda, no entanto, que, a menos que você tome cuidado, há uma boa chance de você confundir o aplicativo - muitas vezes de maneiras sutis e difíceis de rastrear e você pode acabar corrompendo dados (especialmente se o aplicativo armazenar dados em arquivos e /ou bancos de dados)!
Pisar com cuidado!