Tentei fazer isso há cerca de um ano, mas agora vejo que o problema pode não ter sido resolvido. Mas já se passou um ano, certamente deve haver uma maneira de fazer o Wirecast funcionar com o Red5? Pelo que posso dizer, o Wirecast é o único Flash Encoder que não funciona com o Red5.
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Tenho certeza que você já sabe disso. Red5 foi atualizado e está novamente sendo desenvolvido ativamente. Wirecast já está funcionando há algum tempo. O problema era que o red5 não suportava áudio AAC, tanto quanto me lembro.