Ontem fiz uma atualização completa do sistema (a antiga data de menos de um mês) e agora todos os meus atalhos de teclado globais não funcionam mais. Eles são criados via "gconf-editor" e estão localizados em /apps/metacity/keybindings_commands e global_keybindings. Percebi que agora existem apenas aqueles gerados pelo meu usuário, enquanto antes global_keybindings e keybinding_commands estavam cheios de espaços reservados como run_command_1, run_command_2,....
Uma pesquisa por run_command (inclui nomes de chaves) também encontra meus definidos pelo usuário, então não parece que eles foram movidos.
Uma pesquisa no Google por "atalhos de teclado do gnome 3 movidos" não encontrou nada com restrição de pesquisa no último mês.
Atualizei com "sudo pacman -Su" (estou usando Arch Linux).
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Independente do Gnome 3 e de outros gerenciadores de desktop ou windmow, você pode usar xbindkeys como um daemon para atalhos de teclado e mouse.
xbindkeys é um programa que permite iniciar comandos shell com o teclado ou mouse no X Window. (http://www.nongnu.org/xbindkeys/xbindkeys.html)