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Qual é a maneira mais fácil de agrupar grupos de arquivos?

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Qual é a maneira mais fácil de agrupar grupos de arquivos?

Tenho arquivos com convenção de nomenclatura deste padrão:

bond_7.LEU.CA.1.dat
bond_7.LEU.CA.2.dat
bond_7.LEU.CA.3.dat
bond_12.ALA.CB.1.dat
bond_12.ALA.CB.2.dat
bond_12.ALA.CB.3.dat
...

Quero concatenar todos os arquivos do mesmo grupo em um único. Por exemplo:

cat bond_7.LEU.CA.*.dat > ../bondvalues/bond_7.LEU.CA.1_3.dat

Há um grande número desses arquivos. Como conseguir isso com um script bash?

Responder1

Supondo que o exemplo fornecido reflita todos os seus arquivos, o seguinte deve resolver:

for f in *.1.dat
do
  cat ${f%%1.dat}* > ${f%%1.dat}1_3.dat
done

Isso requer que cada grupo contenha um arquivo com extensão .1.dat.

Responder2

printf "%s\n" * | cut -d. -f1-3 | sort -u | while read prefix; do
  files=(${prefix}*)
  first=$(cut -d. -f4 <<< "${files[0]}")
  last=$(cut -d. -f4 <<< "${files[${#files[@]}-1]}")
  newfile=$(printf "../bondvalues/%s.%s_%s.dat" "$prefix" "$first" "$last")
  cat "${files[@]}" > "$newfile"
done

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