Gostaria de saber se é 100% seguro remover uma letra de unidade do disco inicializável secundário. Isso tem algum impacto na unidade ou é apenas uma configuração usada pelo Windows em execução?
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Ele é usado apenas pelo Windows. O efeito da remoção da letra da unidade é percebido apenas na instalação do Windows onde você fez esta configuração. A partição da qual a letra da unidade foi removida está correta. Faço isso o tempo todo e não tenho problemas.
As entradas de inicialização do seu sistema operacional não dependem das letras de unidade atribuídas em um sistema operacional ou outro. Ele utiliza os nomes dos volumes de cada partição, informação que fica disponível na inicialização, independente da configuração que você fizer em cada sistema operacional.