Geralmente prefiro salvar arquivos PDF em disco e configurei meu Firefox de acordo. Mas existe um site (de grande utilidade para mim) que usa PDF excessivamente em suas páginas. Existe uma maneira de configurar (ou uma extensão) o Firefox para salvar PDFs de todos os sites e abrir PDFs perfeitamente de um site específico dentro da guia (o que é feito por padrão para todos os PDFs).
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O Firefox não oferece essa função sem uma extensão. A extensão Flashblock faz o que você pede (lista de permissões no nível do domínio), mas apenas para Flash e não para PDF. NoScript permite o bloqueio de todo o conteúdo do plugin, mas apenas combinado com JavaScript, então isso pode não ser aceitável para você. Não conheço nenhuma outra extensão que apenas bloqueie a exibição de conteúdo PDF via plugin e permita uma lista branca e uma pesquisa rápida em addons.mozilla.org também não mostra resultados interessantes.
Como provavelmente ainda não existe uma extensão que atenda exatamente às suas necessidades, uma solução que você pode tentar é usar apenas dois perfis diferentes no Firefox. Um com o plugin PDF desativado e outro para o site que você deseja permitir o uso do plugin PDF.
As instruções sobre como criar outro perfil estão aqui:http://support.mozilla.org/en-US/kb/profile-manager-create-and-remove-firefox-profilesVocê pode usar vários perfis ao mesmo tempo:http://kb.mozillazine.org/Using_multiple_profiles_-_Firefox