Digamos que eu queira copiar o conteúdo de um disco rígido USB 3 para outro disco rígido USB 3. Meu computador tem portas USB 3, então tudo bem.
A unidade interna seria um possível gargalo? Ou seja: ao transferir arquivos de um dispositivo USB para outro, alguns dados passam pelo disco rígido interno, causando um gargalo nas taxas de transferência?
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A unidade interna não deve ser envolvida.
Se você copiar de A para B, ele não passará por C. No entanto, passará pela memória RAM e talvez pela CPU.
A memória RAM é usada como cache/buffer para acelerar as coisas. (disco rígido interno não é)
Esta resposta é para Gnu/Linux, mas acho que mesmo para o sistema operacional com maior morte cerebral ela não envolverá o disco rígido interno.