Instalei o Eclipse não através do gerenciador de pacotes, mas descompactando o tar.gz.
Além do diretório, ~/.eclipse/
preciso remover mais alguma coisa?
Quero fazer uma nova instalação porque estou tendo problemas devido ao fato de ter atualizado o Indigo para Juno.
Tnx
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Se a única coisa que você fez para instalar o Eclipse foi extrair um .tar.gz então não há nenhum dado do Eclipse exceto ~/.eclipse , o diretório extraído e seu diretório de trabalho.