Eu sei que os programas .Net não funcionarão se o CLR FOR EXCLUÍDO, mas estou apenas curioso sobre o próprio Windows.
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Ninguém pensaria que o Windows permitiria que partes críticas de si mesmo fossem colocadas na lista de Programas Instalados (Adicionar/Remover) com a desinstalação a apenas um clique de distância. Nunca ouvi dizer que o .Net Framework seja de alguma forma essencial. Se você realmente deseja se livrar dele, recomendo usar o método de desinstalação normal, em vez de apenas excluir os arquivos e deixar para trás uma bagunça profana de referências de registro pendentes.