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Como posso executar um mesmo comando no terminal Mac para vários arquivos em uma pasta?

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Como posso executar um mesmo comando no terminal Mac para vários arquivos em uma pasta?

Como posso executar o mesmo comando no terminal mac para vários arquivos em uma pasta? Os arquivos são nomeados como 24538_7#1.fq, 24538_7#2.fq, e assim por diante 24538_7#3.fq.24538_7#4.fq

Os comandos são:

sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' 24538_7#2.fq > 24538_7#2_paired1.fq
sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' 24538_7#2.fq > 24538_7#2_paired2.fq

Como o nome do arquivo envolve um contador, obviamente os nomes dos arquivos precisam ser alterados.

Eu estava tentando escrever o comando, mas não consegui renomear o arquivo. Meu esforço para o comando está abaixo:

for file in 24538_7#*.fq; do sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/fq/fq}"; done

(PS- eu uso MacOS)

Responder1

Supondo que todos os arquivos tenham nomes semelhantes, você pode usar

for file in 24538_7#*.fq; do
    sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired1.fq"
    sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file%.fq}_paired2.fq"
done

ou (para desenvolver o que você já tentou)

for file in 24538_7#*.fq; do
    sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired1.fq}"
    sed -n '\|@.*/2|{N;N;N;p;}' "$file" > "${file/.fq/_paired2.fq}"
done

Aviso: Isso funcionará apenas para sua situação específica e para nomes de arquivos específicos.

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