Quando eu inicializo ou reinicio meu computador, às vezes recebo a contagem regressiva para executar o chkdsk e geralmente ignoro isso e inicializo no Windows. Existe uma boa frequência para permitir que sua máquina execute o chkdsk ou apenas quando for seriamente necessário verificar se há erros na(s) unidade(s)?
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Eu SEMPRE faria um chkdsk quando um sistema Windows aconselhasse que isso fosse feito... espere a contagem regressiva e FAÇA.
O que isso está lhe dizendo é que provavelmente algum erro estrutural do sistema de arquivos está em um de seus discos (provavelmente C: se estiver no momento da reinicialização) e que você PODE continuar, mas pode arruinar ainda mais seu disco a ponto de os esforços de recuperação poderem não será possível.